Η Έδρα του Μ.Ε.Κ ΑΙΓΑΙΟΥ βρίσκεται στο Καρλόβασι της Σάμου. Ακόμη, διαθέτει δύο παραρτήματα, στη Λήμνο και στην Καλλονή της Λέσβου. Όλες οι εκπαιδευτικές δομές είναι πλήρως εξοπλισμένες και πιστοποιημένες.

Διαθέτει συνολικά 8 αίθουσες κατάρτισης δυναμικότητας 191 ατόμων. Οι 7 είναι πλήρως εξοπλισμένες με laptop, εκτυπωτές και scanners. Επίσης, οι αίθουσες διαθέτουν τον παρακάτω εξοπλισμό για τη διευκόλυνση της εκπαιδευτικής διαδικασίας: διαφανοσκόπειο, τηλεόραση, βίντεο, οθόνη προβολής.

Όλοι οι χώροι είναι προσβάσιμοι από ΑΜΕΑ, σύμφωνα με το Νόμο 4067/2012 (ΦΕΚ 79/Α/2012) «Νέος Οικοδομικός Κανονισμός» και τις Οδηγίες Σχεδιασμού του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής «Σχεδιάζοντας για Όλους».